南通市教育科学研究院为南通市教育局所属三类纯公益型事业单位，实行院长负责、党组织保证监督和教职工民主管理三位一体的管理体制。

设立宗旨：开展教育教学业务的研究，促进教育事业发展。

业务范围：组织并指导全市中小学校、幼儿园、特教学校、职业学校等开展教育科研、教学研究，进行课程、教材、课题、考试研究，组织开展课改师资培训、教育科研人员培训，编印《南通教育研究》《南通教育》，开展教育信息的收集研究、宣传交流，进行区域教育发展、教育文化研究，教育史志编撰，教育教学资源研发，承担市教育局研究确定的教育评估、教育质量检测项目的组织实施等工作。

工作职能：“研究、指导、服务、管理”，努力做到“以研究支撑指导的权威，以指导提高服务的品质”，“普惠教研，智慧服务”。